2001 年 9 月，選舉產(chǎn)生了第三屆理事會(huì) , 原水利部副部長朱登銓擔(dān)任第三屆理事會(huì)會(huì)長 。

        第三屆理事會(huì)產(chǎn)生后 , 在機(jī)構(gòu)設(shè)置 、會(huì)員發(fā)展和業(yè)務(wù)開拓等方面 進(jìn)行了調(diào)整 。

        會(huì)員發(fā)展方面突破了原有限制 : 一是突破所有制限制 , 允許各種所有制的企事業(yè)單位加 入?yún)f(xié)會(huì) ; 二是突破行業(yè)和系統(tǒng)限制 , 鼓勵(lì)任何與水利相關(guān)的企事業(yè)單位加入?yún)f(xié)會(huì) 。 在兩個(gè)突破的激勵(lì) 下會(huì)員隊(duì)伍迅速發(fā)展 。根據(jù)水利部黨組的要求 , 社團(tuán)必須要掛靠司局或有行政職能的事業(yè)單位 。協(xié)會(huì)成立之初掛靠在水利部綜合開發(fā)管理中心 , 水利事業(yè)單位體制改革后掛靠水利部綜合事業(yè)局 , 業(yè)務(wù)主管司局為水利部經(jīng)濟(jì)調(diào)節(jié)司 。協(xié)會(huì)獨(dú)立設(shè)置辦事機(jī)構(gòu) , 獨(dú)立開展各項(xiàng)活動(dòng) 。

       第三屆理事會(huì)自 2001 年 9 月 ~2005 年 9 月 。

       第三屆理事會(huì)領(lǐng)導(dǎo)班子 、分支機(jī)構(gòu)及內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu) 

       ( 一 ) 領(lǐng)導(dǎo)班子 

       ( 二 ) 分支機(jī)構(gòu) 

       分支機(jī)構(gòu)如下 : 地方電力分會(huì) 、機(jī)械分會(huì) 、灌排企業(yè)分會(huì) 、受部委托 、代管中國灌區(qū)協(xié)會(huì) 、 中國水利水電勘測(cè)設(shè)計(jì)協(xié)會(huì) 。

       ( 三 ) 內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu) 

       內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)有 : 辦公室 、研究部 、培訓(xùn)咨詢部 、 國際合作部